Микробиологичната лаборатория на УМБАЛ-Бургас извършва пълен обем микробиологични, вирусологични и серологични изследвания, компютърна идентификация на бактерии и други изследвания. Лабораторията извършва изследвания само на пациенти, настанени в УМБАЛ Бургас и не обслужва амбулаторни пациенти срещу заплащане.