В отделението се работи по три клинични пътеки:

КП№78.1 Диагностика и лечение на декомпенсиран захарен диабет при лица над 18 години - инсулиновозависим и неинсулиновозависим захарен диабет, както и усложненията му:
Остри:
- диабетна хипогликемия;
- диабетна кетоацидоза и хиперосмоларен синдром;

Хронични:
- очни;
- бъбречни;;
- неврологични;
- периферно-съдови;

КП №79 - Диагностика и лечение на заболявания на щитовидната жлеза:
- хипотиреоидизъм - вроден и придобит;
- тиреотоксикоза;
- тиреодити - остър, подосторъ, последоров и автоимунен;
- ТАО (тиреоид-асоциирана офталмопатия);